W myśl ustawy o finansach publicznych (art. 68 ust. 1) kontrola zarządcza to ogół działań i czynności zapewniających realizację celów i zadań jednostki w sposób: zgodny z prawem, terminowy, efektywny i oszczędny.

- Kontrola zarządcza nie jest kontrolą w potocznym rozumieniu - ponieważ nie koncentruje się na poszukiwaniu nieprawidłowości i sprawdzaniu zgodności działań z procedurami;

- Kontrola zarządcza są to działania prowadzone w ramach zarządzania jednostką, wszystkie pisane i niepisane zasady w niej obowiązujące, wszystko co służy zapewnieniu realizacji celów i zadań (np. ustalenie odpowiedniej struktury jednostki, zatrudnienie właściwych osób, analiza szans i zagrożeń związanych z realizowaniem zadań, wdrożenie odpowiednich procedur, sprawowanie nadzoru itp.).

- Głównym zadaniem kontroli zarządczej jest wyznaczanie celów i zadań oraz monitorowanie ich realizacji;

- Istotnym celem kontroli zarządczej jest zarządzanie ryzykiem;

- Kontroli zarządczej nie należy utożsamiać z kontrolą finansową - kontrola zarządcza jest pojęciem szerszym, ponieważ odnosi się do wszystkich obszarów działalności jednostki, nie tylko gospodarki finansowej jednostki;

- Kontroli zarządczej nie należy utożsamiać z audytem wewnętrznym i kontrolą wewnętrzną - są one jedynie jednym z elementów kontroli zarządczej.

Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

1. zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;

2. skuteczności i efektywności działania;

3. wiarygodności sprawozdań;

4. ochrony zasobów;

5. przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;

6. efektywności i skuteczności przepływu informacji;

7. zarządzania ryzykiem. (Art. 68 ust. 2. Ustawy o finansach publicznych )

Przeprowadzanie i dokumentowanie czynności związanych z kontrolą zarządczą w AGH odbywa się przy wsparciu narzędzia informatycznego e-risk.

Ogólne wskazówki dotyczące podstawowych wymagań odnoszących się do kontroli zarządczej  w jednostkach sektora finansów publicznych zostały określone w komunikacie Ministra Finansów nr 23 z 16 grudnia 2009 r.  w sprawie standardów kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych.

Celem standardów jest promowanie i wdrażanie w sektorze finansów publicznych spójnego i jednolitego modelu kontroli zarządczej. Standardy dotyczą pięciu grup, które odpowiadają poszczególnym elementom kontroli zarządczej:

1. środowisko wewnętrzne, w tym: przestrzeganie wartości etycznych, kompetencje zawodowe, strukturę organizacyjną, delegowanie uprawnień;

2. cele i zarządzanie ryzykiem, w tym: misję, określanie celów i zadań, monitorowanie i ocenę ich realizacji, identyfikację ryzyka, analizę ryzyka, reakcję na ryzyko;

3. mechanizmy kontroli, w tym: dokumentowanie systemu kontroli zarządczej, nadzór, ciągłość działalności, ochronę zasobów, szczegółowe mechanizmy kontroli dotyczące operacji finansowych i gospodarczych, mechanizmy kontroli dotyczące systemów informatycznych;

4. informację i komunikację, w tym: bieżącą informację, komunikację wewnętrzną, komunikację zewnętrzną;

5. monitorowanie i ocenę, w tym: monitorowanie systemu kontroli zarządczej, samoocenę, audyt wewnętrzny, uzyskanie zapewnienia o stanie kontroli zarządczej.